Entre todas las películas de Studio Ghibli, solo existe una secuela oficial, "Haru en el reino de los gatos", un spin-off directo al video relacionado con "Susurros del corazón". Aunque muchas cintas del estudio podrían tener continuaciones, Hayao Miyazaki enfrentó repetidos obstáculos para concretar secuelas, incluida la de "Ponyo en el acantilado".
Contrario a lo que se podría suponer por su trayectoria y estatus dentro de Ghibli, Miyazaki no tuvo total libertad para llevar adelante sus ideas. Cuando quiso desarrollar "Ponyo 2", el productor Toshio Suzuki se negó rotundamente, argumentando que no deseaba ver esa continuación. Suzuki, colaborador histórico y gran apoyo del director, consideró que la historia no tenía más para ofrecer y que alargarla no beneficiaría al proyecto.
A pesar de esta negativa, Miyazaki no se desanimó y pronto se volcó a otros trabajos, como "El viento se levanta", una biografía con elementos fantásticos del ingeniero Jiro Horikoshi, y más adelante "El chico y la garza", que marcó su regreso de otro retiro. En la actualidad, se sabe que trabaja en una nueva película y circulan rumores sobre una posible secuela de "Nausicaä del Valle del Viento".